免疫功能異常即男子產生抗精子自身免疫
人體的精液含有多種抗原，如果患有尿道炎、前列腺炎、附睪炎、睪丸炎等，血睪屏障被破壞，就會發生免疫反應，產生抗精子抗體。抗精子抗體可使精子失活，造成少精和無精，阻止精卵結合。
內分泌功能障礙有下丘腦、垂體功能異常及甲狀腺功能減退等，均可引起促性腺激素分泌異常，影響睪丸功能而導致不育。
性功能障礙包括勃起功能障礙、早洩、性欲減退及射精障礙等，是導致不育的重要原因。勃起功能障礙是指陰莖不舉或不堅，不能插入陰道完成性交。而不射精或逆行射精，是縱使性交卻沒有足夠的精液進入陰道，不能實現精卵相遇并結合。
生殖器官發育異常造成陰莖插入陰道困難，精液不能正常射入陰道內，從而導致不育。常見的有陰莖缺損、小陰莖、大陰莖、尿道嚴重下裂等。另外睪丸的發育異常會導致精子生成障礙，從而引起不育。
遺傳性疾病如先天性生精小管發育不良、混合型性腺發育不全等，會使生精細胞不能生長為成熟、具有正常形態和活力的精子。這些先天性疾病的病因很復雜，主要有遺傳因素、環境因素、放射線、化學物質、內分泌失調、妊娠早期風疹病毒感染等。這些致病因素主要是在妊娠前3個月內影響胚胎的發育。
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